En aftale blev indgået, efter at klubberne havde fundet et kompromis om en transfersum, som ville have været minimum £35 millioner.
Den 25-årige havde fået tilladelse til at gennemføre transferformaliteterne, herunder en lægeundersøgelse, i London mandag, før han underskrev en langtidskontrakt med Premier League-mestrene.
Læs: Erik ten Hag er rigtig vred
Men kilder har nu bekræftet over for BBC Sport, at aftalen er blevet annulleret.
Palace nægtede at godkende transferen, da de havde problemer med at få en erstatning – da målmand Igor Julio valgte et skifte til West Ham.
De skrev kontrakt med Toulouse-midterforsvareren Jaydee Canvot på transfervinduets sidste dag, men Palace ønskede at have to erstatninger på plads, før de godkendte Guehis afgang.
Læs: Victor Lindelöf har skrevet under, og Harvey Elliott og Jadon Sancho læser detaljer
